Der Reformator hielt sich mehrfach in Magdeburg auf und war vom Frühjahr 1497 bis Ostern 1498 Schüler bei den Brüdern vom gemeinsamen Leben, einer frommen Vereinigung ohne Ablegung eines Ordensgelübdes. 1516 besuchte Martin Luther das Augustinerkloster. Nach seiner Predigt 1524 in der Johanniskirche ist ein Großteil des Rates überzeugt und folgt Luthers Reformation, noch im selben Jahr wird die katholische Messe abgeschafft.
Luther predigte in der Klosterkirche
Auch durch mehrere Predigten in der Klosterkirche (seit 1694 die heutige Wallonerkirche) trug Luther entscheidend dazu bei, die Reformation in der Stadt in bürgerlich-gemäßigte Bahnen zu lenken. Der von ihm nach Magdeburg gesandte Nikolaus von Amsdorf errichtet im ehemaligen Augustinerkloster eine Stadtschule, die sich großer Berühmtheit erfreute. Die Stadt galt schließlich als Bollwerk des deutschen Protestantismus. Heute gehört Magdeburg zum Verbund Europäische Stätten der Reformation.
An Luthers Aufenthalte in Magdeburg erinnert das 1886 von Emil Hundrieser errichtete Denkmal an der Johanniskirche.